Die Deutsche Ostasienmission hat von Beginn an großen Wert auf eine gute Zusammenarbeit mit den Christen vor Ort gelegt.

In China trat als erster Mitarbeiter der ehemalige Missionar der Rheinischen Mission, Dr. Ernst Faber, in ihre Dienste. 1885 in Shanghai. Er arbeitete mit vielen chinesischen Christen zusammen, um das Evangelium zu den Menschen zu bringen. Wenig später war es Richard Wilhelm, der ein Erziehungs- und Ausbildungsprogramm ins Leben rief. Zur gleichen Zeit, also ebenfalls 1885, begannen Wilfried Spinner und wenig später Emil Schröder in Japan mit der Ausbildung junger Theologen.

Ohne eine enge Zusammenarbeit mit den Christen vor Ort kann der Mission kein Erfolg beschieden sein. So wissen wir heute, dass die Missionare nicht die Träger der Mission der Kirchen in China, Japan, Korea und Taiwan waren, sondern bestenfalls Helfer auf einem Weg, den sich das Evangelium selber bahnte. Mission ist nach unserem heutigen Verständnis sicher zuerst die Aufgabe der Kirche und Gemeinde vor Ort. Aber Mission braucht den ökumenischen Weitblick und die ökumenische Zusammenarbeit, wenn sie sich als Teil des weltweiten Handelns Gottes in dieser Welt versteht.

Es gibt Partner in der Mission, mit denen die DOAM seit vielen Jahren verbunden ist und andere, wo eine Partnerschaft erst im Werden ist.

Zu unseren Partnern in Ostasien (Kirchen und Institutionen) gehören:

Japan: 
Vereinigte Kirche Christi in Japan (Kyodan)
Evangelische lutherische Kirche in Japan (JELC)
Korean Christian Church in Japan (KCCJ)
National Christian Council of Japan (NCCJ)
Christian East Asia Mission (CEAM) / Tomisaka Christian Center (TCC)
Women's Active Museum on War and Peace (WAM)
Asia Rurtal Institute (ARI)
NCC Center for the Study of Japanese Religions, Kyoto
Noson Dendo Shingakko (Theol. Seminar für Mission auf dem Lande)

Korea:
Presbyterian Church in  the Republic of Korea (PROK)
Presbyterian Church of Korea (PCK)
National Council of Churches in Korea (NCCK)
Hanshin University
Korea Theological Study Institute (KTSI)
diakonia-Schwesternschaft
Korean Council for the Women Drafted for Military Sexual Slavery by Japan
Korea Dialogue Academy
Christian Institute for the Study of Justice and Development

China:
Amity Foundation
CCC / Christliche Patriotische Drei-Selbst Bewegung (PDSB)
Churches in Shandong (Qingtao)
Churches in Hunan (Changsha, Hengyang)
Theologische Seminare (Nanjing, Changsha, Jinan)

Taiwan:
Presbyterian Church in Taiwan (PCT)